El método pandas.DataFrame.set_index fija una columna del dataframe como índice, descartando el índice existente. Veamos un sencillo ejemplo. Partimos del siguiente dataframe:
df = pd.DataFrame({
"año": [2016, 2017, 2018],
"mes": ["ene", "sep", "jun"],
"ventas": [87, 34, 112]
})
df

Vemos que se ha asignado un índice automático. Si ejecutamos el método set_index indicando como argumento el campo "mes":
df.set_index("mes")

...se fija dicha columna como índice y se elimina del conjunto de características. Aunque esta eliminación es el comportamiento por defecto, podemos controlarlo con el parámetro drop:
df.set_index("mes", drop = False)
