El Mark I Perceptron estaba dividido en tres bloques: unidades sensoras (S-units), unidades asociativas (A-units) y unidades de respuesta (R-units):
Organización básica del Mark I Perceptron. Fuente: Manual de operaciones
Las señales se transmitían de izquierda a derecha (desde los sensores hacia las unidades de respuesta), a través de conexiones aleatorias, tal y como se muestra en el diagrama anterior.
Todas las unidades (con independencia de su tipo) estaban configuradas de forma que se activasen y transmitiesen una señal solo cuando la suma de las señales de entrada superaba un cierto umbral.
Las señales de entrada de las unidades sensoras eran lumínicas (las señales captadas por los fotosensores) y las del resto de unidades eran eléctricas.
La siguiente imagen muestra una imagen en blanco y negro de un Mark I Perceptron y las zonas en las que estaba organizado:
Organización básica del Mark I Perceptron. Fuente: Manual de operaciones